转眼间，1000年过去了。“黑色纳杰依”自从战败后就一直没有再露过面，似乎就此偃旗息鼓了。然而，当初“黑色纳杰依”战败后遗留下的机甲部队和生化生物，虽然经过联邦军民不断的清剿，但似乎从未减少过，反而越来越强。与此同时，随着时间的推移，基因优化疫苗所带来的后遗症也越来越大，基因族已渐渐无力抵抗似乎仍在变强的生化怪物，事态在不断恶化。
吉托德联邦政府从来没有放弃过打击“黑色纳杰依”反政府武装。不仅是为了缓解越来越恶劣的局势，也是为了“黑色纳杰依”手上的生化技术。吉托德联邦当政希望能从“黑色纳杰依”手上得到基因族最顶尖的生化技术，寻找拯救基因族的另一条道路。
灾难在无意之间发生了。在一次蓄谋已久的针对“黑色纳杰依”核心科学家的抓捕行动中，一位士兵击坏了装置“黑色纳杰依”新研制出来强化生化怪物的恒温隔离箱，导致病毒泄露，当场将在场所有基因族战士变成失去理智的怪物。更为糟糕的是，这种病毒扩散的速度非常迅速，在不到十天的时间里，病毒席卷了基因族大部分城市，基因族面临灭族的威胁。
吉托德联邦政府当局迅速采取措施想要通过时空装置将残存的族人迁移到时空岛上，却发现时空装置被因绝望而引发后遗症的疯狂士兵破坏掉了。这让基因族彻底陷入绝望之中……
从时空岛的连接通讯装置上传来的最后消息，是一个老人留给在时空岛上因寻找时空之泪而逃过一劫的基因族幸存者的声音：“这里是地下300公尺，整个基因族最后的幸存者基地。病毒在整个基因族内传播，到处都是怪物，但在某些地方似乎还有抵抗者，他们并没有被病毒感染，也许是产生了变异抗体。请帮帮我们吧，他们是我们基因族最后的希望。我们已无力修复时空装置，也许……”
故事，从这里开始了……
(2008-09-27)
