虽然实际起源无从考证，但早在九世纪时，摩加迪休附近的地区就已经是索马利亚内陆地区与外界联络的要道。来自波斯或阿拉伯半岛的伊斯兰教教徒在约十世纪时来到附近地区开始殖民，由於他们相对上的经济优势，再加上长年与当地人的通婚，建立了一个稳定的混血文明，经常被通称为东非城邦文明。其主要组成人口，是使用斯瓦希里语的亚非混血族群。
在这一系列的城邦之中，摩加迪休与周遭的几个城市位於地理上最北端。关於摩加迪休这名称的由来有两种主要的说法，其中一种认为它是索马利版本的阿拉伯语「Maqad shah」，意指（波斯）国王的王座，暗示了波斯人可能与城市的奠基有所关联。另一种说法认为它可能是斯瓦希里语「mwyu wa」（最北之城）的错误发音版本，暗示了摩加迪休是非洲东岸一系列斯瓦希里城邦里面，最北的一个。
当着名的阿拉伯旅行家伊本.拔图塔（Ibn Batuta）在1331年时来到非洲东岸时，他口中的「Maqdashu」已经是一个发展得非常庞大的贸易城市，所生产的布料等物资，甚至外销输送至包括埃及在内的其他地区。一直到今日，由第一任摩加迪休苏丹在1269年时所兴建的法赫鲁.丁清真寺（Mosque of Fakhr ad-Din），仍然矗立在摩加迪休的市区内。
考古学家曾在摩加迪休一带挖掘出非常多来自古代中国、锡兰与安南的钱币，证明了摩加迪休的贸易对象曾遍及至这些地区。其中，来自中国的钱币大都属於宋代的产物，虽然也有部份属於明代与清代的物件。这个被古代中国称为僧祗国（Zenj）的斯瓦希里贸易城邦大量进口了来自阿拉伯的陶器，中国的瓷器，与印度的布料，除此之外这里还同时生产矿物资源，并输出木头、象牙、贝壳、奴隶与铁矿至其他地区。
但是在欧洲人的航海大发现时代，葡萄牙人主宰了整个非洲东岸，而摩加迪休也当然无法免除葡萄牙人在十六世纪时入侵的命运。桑给巴尔苏丹在1871年时占领摩加迪休，并在十九世纪末时修筑了加雷萨宫（Garesa Palace）作为当地的行政中心。
桑给巴尔苏丹在1892年时将摩加迪休城出租给意大利，并在1905年时正式出售卖断，而意方则将意大利文中称为「Mogadiscio」的该城设为意大利在东非的殖民地、意属索马利兰的首府。而摩加迪休周遭的其他地区，则是在1936年时完全落入意大利的控制之下。
第二次世界大战期间，属於轴心国成员意大利的殖民地之意属索马利兰，自然也是同盟国的攻击目标之一。英国自肯亚方面对意属索马利兰发动攻击，并在1941年2月26日成功拿下摩加迪休，一直统治着该地直到1952年时，才将索马利兰归还给意大利，恢复意大利所属之保护国的地位。1954年时，索马利亚国立大学在摩加迪休创校，是该国第一次拥有了高等教育的设置。在1960年时索马利亚脱离义大利与英国两国的控制，正式独立，摩加迪休也成为索国的正式首都。
而今天的摩加迪休有那么多人知道，恐怕更多的是因为那部闻名世界的《黑鹰计划》了吧。
(2009-02-02)
