‘分裂细胞’实际上就是欧美国家反恐部队中的一个专用名词，在这些国家的反恐部队中，他们把恐怖组织比喻成一个具有严密组织纪律的大脑，而要消灭这些恐怖组织，就必须从组织内部渗透，将大脑（恐怖组织）的脑细胞（成员）分裂开来，各个击溃，才能完成彻底消灭恐怖组织和恐怖活动的目的。于是他们将这种反恐行为称谓‘Splinter Cell’（分裂细胞）。
游戏《分裂细胞》所讲述的故事内容如下：
一个叫苏哈提.萨达诺的恐怖分子领导一个恐怖组织占据了美国驻东帝汶的大使馆，枪杀并绑架了部分使馆人员。游戏中的主角山姆.费舍尔奉命成功潜入大使馆并营救了被绑架的人质。而在这过程中，费舍尔发现有一个针对美国的恐怖袭击正在策划和筹备中，于是他转战巴黎、耶路撒冷、印尼等地，最终干掉了组织头目，清除了用于恐怖袭击的生化炸弹，又一次拯救了世界。
此游戏的画面与其前作一样一如既往地出色，虽然处于同一游戏平台（Xbox），但在细节方面的进步却是显而易见的。
在音效方面，虽然游戏支持5.1声道输出，可这种号称‘能通过声音辨别敌人方位’的高级音效在本作中几乎是毫无用武之地。因为这毕竟是《分裂细胞》而不是《反恐精英》，如果山姆想学《反恐精英》里那些精英们对敌人发起强攻然后通过枪声来辨别敌人的方位再用自己百步穿杨的枪法来消灭敌人，那就无疑是在送死。不过玩家如果为了想全身心地投入游戏意境中，配备一套好的音响还是很有价值的。
玩过这款游戏的玩家可能觉得游戏的PC版反而比XBOX版的操作要便捷，这个缺憾无疑是削弱了游戏的游戏性。不过在进入3D时代之后，这种情况就一直为众多厂商所头疼，从一开始的固定镜头到现在把镜头将给玩家控制，厂商和玩家都在共同探索更好的方法来解决此问题。
从游戏故事的角度来说，《汤姆.克兰西分裂细胞：明日潘多拉》不失是一款出色的游戏，如果在此之前玩家读过汤姆.克兰西的同名小说，那现在就不妨配合小说来进入这个更加立体的汤姆.克兰西分裂细胞的游戏世界，从而得到一种新的体验。