《世纪三国》除了传统RTS操控外，战略应用与三国特色结合，也是本作的重点特色。结合三国时代大军冲杀的战略应用，超级将领的战斗，军师特殊技能使用，实时战略的乐趣完全发挥。例如：武将可能决定战局，培养武将成为战场上的真英雄，然后就能用他来摧毁敌人的大量军队。再来像是游戏采用和《帝国时代》相同的操作方式，把玩家上手时间缩到最短，只要把游戏安装进电脑，几乎就能马上开始玩了。
针对各种不同需要的玩家，制作小组设计了完整的各种游戏模式。因特网、局域网、单机游戏都有。因特网模式提供联机大厅，玩家连上游戏大厅，就能和所有同好一起聊天讨论战术。这里会列出已经开启的各场游戏，玩家可随意选择加入哪个游戏。当然也就自己开启一个新游戏，招呼朋友进去玩。而类似MSN的聊天系统，也让玩家们交流便捷不少。
为了表现三国时代的尔愚我诈，以计谋与战术取胜的特色，制作小组在地形设计方面下了很多功夫，设计出真实的地表起伏。虽然游戏是2D的，但地貌的高低起伏却是真实的。使用这个系统就能编辑出更多样化的地貌。比起只有平地或假地形的游戏，《世纪三国》的地貌更丰富些，也给玩家提供了充分发挥战略思考的空间。
每次玩家产生‘将军’的时候，计算机就从五十名三国将军中挑选一名生产出来。当然每个将领预设的能力不尽相同，生产出了玩家看不顺眼的将军也没办法换人了，只好将就着用。好在‘将军’是可以成长的（军师也是），通过经验值的累计，等级上升能力也就提高了。玩家在面对刚产生出的军师或将军时，可以选择培养他，或者也可以再产生另一名。这点就要靠玩家自己判断了。因为这些特殊单位的等级设计，使得培养特殊单位成为战术中重要的一环。玩家在消灭敌军时，就得考虑是否要让将军或军师也参加，来赚取一些经验值。一个高等级的寻常武将，比低等级的武圣关羽还好用！