《Nyx》的故事发生在虚构的近未来世界。2005年,俄罗斯与土耳其之间的冲突达到了顶点,俄罗斯总统终于下令用生化导弹攻击土耳其,然而由于技术实力不足,这次火箭发射失败了。在火箭发射后,其航道发生偏离,并且将发射点视作发射目标,因此这枚生化导弹击中了发射基地,导致了俄罗斯历史上最大的生化灾难。受这枚导弹中携带的病菌影响,人们纷纷产生突变。
几个小时之后,VitaliAdanov从床上醒来,四周环顾之后,他发现周围安静得有点异常,外面似乎一点声音都没有。Vitali于是决定出去看看到底出了什么事。穿过了冰冷得走廊,突然他听到了非常奇怪的声音。不过对此他并没有多留意,匆匆的离开了房子。在人行道上,他看见了一具尸体。那似乎是一个女人,不过看起来非常古怪。这个女人的怀中似乎裹着什么东西,Vitali将布掀开一看,却发现原来是一个冻死的孩子。他实在不想看到如此可怕的事,当他转身时,发现前方有一群人正在靠近他,Vitali想知道到底发生了神秘事,于是冲着他们的方向问话,然而却没人回答。当他们靠近之后,Viatli发现这群人浑身血肉模糊,而他们的脸赫然是一片惨绿……
被吓坏的Vitali慌乱之间不知该如何是好,这时那群人中有一个人向他走来,Vitali糊里糊涂的迎上前去,突然那人仅仅的抓住他的身体,恐怖的吼叫着准备咬他的脖子。Vitali用尽力气把他踢开,转身就逃……游戏就这样开始了。
在《Nyx》中,玩家的任务是前往研究中心,只有在这里才能找到治疗变异病菌的抗病毒剂。在游戏的过程中,也会以过场动画讲述Vitali过去的事,让玩家知道为什么他能够不收到病毒的感染。